San Juan posee un clima sin influencia oceánica, es seco, de escasas precipitaciones. El clima influye en los sistemas de modelado, en los regímenes fluviales, en los tipos de suelos y en las formaciones vegetales. Las precipitaciones de tipo nívea se dan en la alta montaña y líquida en resto del territorio, con una importante amplitud térmica, dado que en invierno se alcanzan temperaturas de hasta cinco grados bajo cero y en verano las temperaturas máximas superan los cuarenta grados.
Una particularidad de la provincia es la presencia de un viento local, el Zonda, muy cálido y seco que sopla desde el oeste, debido a que pierde la humedad al atravesar la elevada cordillera de los Andes.
