La precordillera sanjuanina está atravesada de oeste a este por ríos pertenecientes al sistema del río Desaguadero, destacándose los ríos Jáchal y San Juan, los que forman valles de gran importancia económica y se los embalsa con el objeto de abastecer a la población o para la generación de electricidad. En el extremo sudeste, están las lagunas de Guanacache donde desemboca el río San Juan, uno de los recursos hídricos más importantes de la región geográfica de Cuyo por su riqueza en flora y fauna. Por otro lado el río Huaco, en el departamento Jáchal y el río Valle Fértil, en el departamento que lleva el mismo nombre, son también de gran importancia para los sanjuaninos. La provincia cuenta además con varios arroyos que son cursos de montaña de fuerte pendiente, como el arroyo de Agua Negra, el de Agua Blanca o el Arroyo Iglesia, entre otros. También se destacan importantes obras que permiten el embalsado de ríos, tales como: Embalse de Ullúm y Caracoles, ubicados en el Departamento Ullúm y Zonda, utilizados para riego y generación de energía. Cuesta del Viento en Iglesia, también generador de energía, y Cauquenes en Jáchal y San Agustín en Valle Fértil, utilizados para riego.
